纯化水设备的消毒大体上可分为物理消毒和化学消毒两种。紫外线消毒可能只会对局部有作用，除菌过滤器可能只发回暂时的作用。在纯化水设备中，不论是巴氏消毒、过热水灭菌或纯蒸汽灭菌，都被认为是较为常规的物理消毒。臭氧、过氧化氢、次氯酸等均是常用的化学消毒剂。

巴氏消毒法

在纯化水水设备中，巴氏消毒主要功能是：a,用于纯化水设备的活性炭等预处理单元。b,RO/EDI单元以及储存与分配管网单元的周期性消毒。巴氏消毒法也称低温消毒法，它的一种能杀死各种病原菌的热处理方法，其对象主要是病原微生物及其他生长态菌。

巴氏消毒的工作原理是，利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但是经过巴氏消毒后，仍保存小部分较耐热的细菌或细菌芽孢。因此巴氏消毒不是无菌处理过程。

紫外线消毒法

 在纯化水设备中，紫外线消毒装置主要安装于纯化水设备的RO/EDI循环管路及储存与分配管网循环管路，以防止系统中微生物指标的过快增长。足够剂量下，紫外辐射是一种有效的消毒方式。紫外线消毒的原理较为复杂，一般认为它与对生物体内代谢、遗传、变异等现象起着决定性作用的核酸相关。